De toutes les communes du canton de Montbenoit, Arçon semble être la plus ancienne d'après des découvertes archéologiques datées du haut Moyen Age. Par la suite, Arçon reste partagé entre les sires de Joux et l'abbaye de Montbenoit. A la fin du XIIe siècle, une dizaine de familles sont signalées dans le hameau, les terres et les champs se développent. Une seigneurie existe depuis 1287, appartenant successivement aux familles Colin, de Lisola, puis, au XVIIIe siècle, Michaud. Jusqu'en 1710, date de création de la paroisse, Arçon dépend de la paroisse de Doubs. Cependant, à la fin du XVIIe siècle, les habitants disposent d'une chapelle dans le village. On relève une activité artisanale importante dès le XVIIIe siècle.